と思ったら、案の定深刻な文字化けがどーのこーのという記事がありました。

2011年春のアップグレード・キャンペーン – Nucleus CMS Japan
http://japan.nucleuscms.org/archives/index.php?itemid=216

先に見とけば良かった・・・。

config.phpの一番下に
sql_query("set NAMES latin1");を入れてなんとか文字化けは対応しましたけど、パーマネントリンクがおかしくなってるーーー！！

[追記]
パーマネントリンクは

Nucleus – 便利な使い方のヒントの紹介
http://japan.nucleuscms.org/documentation/tips.html

のFancy_URL2ってやつに合わせてみたら直った！

とりあえずこれでアップグレードは完了ですかね。