MySQLで「mysql server has gone away」と出た

Linux上で

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(1)MySQLからデータ取得
(2)ファイル加工処理(数時間以上)
(3)MySQLにデータ格納
(4)1に戻る
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という処理を走らせていたら、たまに処理がストップしました。
エラーメッセージを見ると処理(2)と(3)の間で

mysql server has gone away

という文字が。

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