htmlファイルの関連付けにちゃんと秀丸を指定しているのに、FFFTP上ではなーんかメモ帳で開かれるなぁとか不思議に思ってたら秀丸の場合はHmSetup.exeから設定しないといけなかったという罠。

エクスプローラのフォルダオプションの設定ではダメだったのか。