「サーバが重くなった」っていう連絡があったのでSSHで見てみたら、ロードアベレージは高くなってないしメモリも食ってないのでネットワーク関係のトラブルかなーと思っていたらntpdがCPUを29%も使っていて「そんなバナナ」と思い試しにntpdをストップしてみたらサーバが正常になりました。
なので、ntp.nict.jpへの接続に失敗して重くなってるんかなーという推測。
日本標準時プロジェクト 公開NTP
http://www2.nict.go.jp/aeri/sts/tsp/PubNtp/status.html
このURLを見てみると結構メンテナンスや接続障害でntpサーバ止まってるっぽいですね。