どこもかしこもサイト制作はWordpress案件が多いですね。
Nucleusのこともたまには思い出してあげてください。

レスポンシブにまだ抵抗があってPC用とスマホ用でデザインをそれぞれ用意してほしいという話もあるわけで。

さらには「PCとスマホで１ページ中に表示する記事数をそれぞれ分けてくれ」と頼まれるわけで。

　
PCの表示数は管理画面の「1ページに表示する最大投稿数」で設定し、スマホのほうは

<?php if ( have_posts() ) : ?>
を

<?php if ( have_posts() ) : query_posts($query_string.'&posts_per_page=表示数'); ?>
に変更して対応したわけで。

で、PCとスマホでそれぞれ確認してみるとwp-pagenaviのページ送りで最後のページを見ると「404 not found」って出たわけで。

どういうこっちゃと思いググってみるとどうやらWordpressの不具合の可能性が高いわけで。

WordPress › フォーラム » 記事表示件数の変更とページ送りについて
http://ja.forums.wordpress.org/topic/524

そんで、どうしたもんかといろいろとググってみると下記URLに解決策が載ってたわけで。

WordPressでquery_postsを使ったページ送りでNot Foundになる件 – 主に技術的なことを書くブログ（はてブロ版）
http://nakagaw.hateblo.jp/entry/20100710/1278803760

ここに載ってた通り、「1ページに表示する最大投稿数」を1に設定し、
PCの表示数もスマホと同じように
<?php if ( have_posts() ) : query_posts($query_string.'&posts_per_page=表示数'); ?>
で出すようにしたら無事に解決したわけなのです。